AVR Studio 5[A.4] ist eine von Atmel bereitgestellte Entwicklungsumgebung. Diese scheint jedoch eine fehlerhafte Bibliothek zu enthalten. Die Kombination aus Mikrocontroller ATmega324A und AVR Studio 5 erzeugte nicht nachvollziehbare Probleme. Bei dem selbem Programm und einem anderem Mikrocontroller oder einer anderen Entwicklungsumgebung tauchten keine Fehler auf. In der Entwicklungsumgebung Eclipse[A.4] lies sich der Fehler reproduzieren wenn der Pfad der von Atmel bereitgestellten Bibliotheken eingestellt wurde. Eine von WinAVR bereitgestellte Bibliothek und eine selbst kompilierte Toolchain unter Linux zeigten diese Probleme nicht.
Daher wurde zur Open Source Entwicklungsumgebung Eclipse mit freien Bibliotheken von WinAVR gewechselt. Dadurch wurde das Problem umgangen und das Projekt plattformunabhänig. Bis auf RapidForm2004 wurde somit nur noch freie Open Source Software verwendet.

Eclipse ist eine in Java programmierte freie open source Entwicklungsumgebung für Java. Sie lässt sich durch Plugins leicht für viele Programmiersprachen erweitern.
Mit dem CDT-Plugin, dem AVR-Plugin, der Bibliothek von WinAVR und der Programmiersoftware AVRDude ist Eclipse eine vollwertige Entwicklungsumgebung für Mikrocontroller von Atmel.